En juin 1943, l'arrivée en France du commando dirigé par Aloïs Brunner, qui vient d'organiser la déportation de 43 000 Juifs de Salonique, modifie le dispositif des déportations. Il prend d'abord le contrôle de l'administration du camp de Drancy, les gendarmes français n'étant plus chargés que de la sécurité extérieure. Il modifie le « rituel » du départ, pour faire croire à un transfert « normal » pour l'Est, supprimant les fouilles, autorisant les bagages, etc. En juillet 1943, il choisit la gare de Bobigny pour y former dorénavant les convois de la « solution finale ».
Brunner considère sans doute la gare de Bobigny plus fonctionnelle (avec sa longue voie de garage auprès de laquelle les véhicules pouvaient accéder directement) et peut-être plus discrète. À la différence de la gare du Bourget, le trafic voyageurs y a été arrêté. Pas plus éloignée de la cité de la Muette, elle a aussi l'avantage de ne pas modifier le trajet des convois, ceux formés au Bourget-Drancy passant déjà à Bobigny, avant de rejoindre le réseau de l'Est. Le site de Bobigny était sans doute aussi moins touché par les bombardements alliés que celui du Bourget.
22 500 Juifs de France sont déportés depuis Bobigny, juillet 1943-août 1944
L'invasion de la zone italienne par les troupes allemandes en septembre 1943, et l'ordre donné par Vichy à ses préfets en janvier 1944 de fournir aux nazis les listes de tous les Juifs, y compris des Juifs français, permettent la formation de nouveaux convois : 21 000 Juifs sont déportés de France entre septembre 1943 et août 1944, dont près de 11 000 en quatre mois, de février à mai 1944. Tous les convois prennent la direction d'Auschwitz-Birkenau, sauf un : le convoi n° 73, composé de 878 hommes, qui prend la direction des pays baltes : Kaunas en Lituanie pour une partie du transport, Tallinn en Estonie pour une autre. Il est possible que ces hommes aient été utilisés pour cacher les traces du génocide.
Le dernier important convoi de la « solution finale » est formé à Drancy le 31 juillet 1944 avec près de 1 300 Juifs, dont 330 enfants. À cette date, les Alliés percent le front de Normandie à Avranches. Le 17 août, quelques jours avant la Libération de Paris, Brunner quitte la France depuis Bobigny, emmenant avec lui en otage 51 derniers internés de Drancy. Le lendemain, le camp est libéré : n'y reste plus que près de 1 400 internés.
Lorsqu'une déportation était envisagée, en lien avec le bureau d'Eichmann à Berlin, c'est le service allemand des affaires juives à Paris qui le préparait. Il établissait une liste de partants choisis parmi les détenus de Drancy et demandait la formation d'un train. Depuis les premières déportations des Juifs de France en 1942, la norme était des convois de vingt à vingt-cinq wagons, pour transporter mille détenus, soit cinquante en moyenne par wagon. C'est la police d'ordre nazie qui était chargée de l'escorte des transports de déportation. Lorsque les convois étaient formés en gare de Bobigny, l'escorte d'un officier et de vingt hommes arrivait d'Allemagne, généralement la veille du départ. Elle inspectait alors le train formé en gare de Bobigny. Elle pouvait demander le remplacement d'un wagon, et faisait garnir les volets des wagons de fils de fer barbelé.
« Le convoi était composé de 1 000 Juifs des deux sexes, surtout des femmes et des enfants. J’avais à ma disposition 25 wagons de marchandises. J’utilisais les 20 wagons en meilleur état pour les Juifs et en mis dans chaque wagon 50. Dans les wagons restants, je mettais les bagages des hommes ainsi que le ravitaillement. […] Les trois voitures de voyageurs se trouvaient à l’avant au milieu et à l’arrière du train. Les commandos allemand et français de l’escorte étaient également répartis dans ces voitures. »
Rapport du lieutenant Nowak de la Schutzpolizei, commandant l’escorte du convoi de la « solution finale » du 9 février 1943.
En parallèle de l'établissement de la liste du convoi, il fallait former le train. C'est la SNCF qui fournissait hommes et matériel. Comme d'autres administrations et entreprises nationales françaises, la SNCF était tenue par la position du gouvernement français, avant tout aux clauses de l'armistice signé à Rethondes. L'article 13 du texte mettait, de fait, les chemins de fer français à disposition de l'Occupant. Les Allemands donnaient donc des ordres et en contrôlaient l'exécution par la SNCF.
Ainsi, lorsqu'un convoi massif de déportation était formé, le ministère allemand des Transports indiquait à son antenne parisienne sa destination, ses horaires. À charge pour celle-ci d'en demander la réalisation à la SNCF, qui devait réunir locomotive, wagons et personnel pour conduire le train jusqu'à la frontière du Reich, c'est-à-dire généralement à Novéant en Moselle annexée, où des cheminots allemands remplaçaient leurs homologues français.
« Toutes les organisations françaises des chemins de fer […] situées dans le territoire occupé par les troupes allemandes sont à la disposition pleine et entière du chef allemand des transports. Ce chef est en droit de prendre toutes les mesures qu'il jugera nécessaire selon les besoins de l'exploitation et du trafic. »
Article 13 de la convention d'Armistice du 22 juin 1940
